Das bis ins 13. Jahrhundert reichende Stiftsarchiv umfasst etwa 1.500 Originalurkunden, 250 archivalische Bücher sowie Aktenmaterial zu Mönchen, Stiftspfarren, stiftlichen Besitzungen und Wirtschaftsbetrieben. Im Stift Lilienfeld sind nicht nur seine beiden Gründungsurkunden erhalten, sondern auch eine Urkunde von Herzog Friedrich II. aus dem Jahr 1230.
Das Stift Lilienfeld hütet den kostbaren Codex der Concordantiae caritatis aus dem 14. Jahrhundert. Dieser Codex stellt eine besonders gut erhaltene Handschrift mit vielen einzigartigen Illustrationen dar. Er ist in das Register „Memory of Austria“ der UNESCO eingetragen.

Die Bestände des Musikarchives von Lilienfeld gehen in ihrem Hauptanteil auf die Ära der Äbte Ladislaus Pyrker, Malachias Schmeger und Ambros Becziczka zurück die dem Stift zwischen 1812 und 1861 vorstanden. Äußere Einflüsse, wie die Aufhebung von 1789/90, die Plünderung des Stiftes durch die Franzosen 1805 und schließlich der Brand von 1810, welcher das Gebäude der Sängerknaben einäscherte, haben die älteren Bestände weitgehend dezimiert. Zur Musiksammlung des Stiftes Lilienfeld zählen auch zwei intakte Hammerklaviere sowie ein Flötensekretär aus dem frühen 19. Jahrhundert.