Die Lilienfelder Stiftsbibliothek befindet sich seit ca. 1700 am heutigen Standort im Südtrakt des Klosters. Sie umfasst etwa 40.000 gedruckte Bände und Zeitschriften, 229 Handschriften und 120 Inkunabeln. Zu den ältesten Drucken zählen Bibeln aus den 1520-er Jahren.

Während der Aufhebung des Klosters 1789 ging der Großteil des ursprünglichen Lilienfelder Buchbestandes verloren. Diese Verluste wurden durch Ankäufe und Übernahmen von Büchern aufgelassener Klöster und Orden (z.B. Paulaner in Wien, Kloster Mariazell in Österreich, Jesuiten) ausgeglichen. Deshalb findet man heute Bücher verschiedener Herkunft in der Lilienfelder Stiftsbibliothek. Bemerkenswert ist neben dem alten Buchbestand die noch originale barocke Ausstattung des Prunkraumes. Die Lilienfelder Stiftsbibliothek kann im Rahmen einer Führung besichtigt werden.